寻根书院是整个勺园的中枢神经，是一个集艺术品展示、工艺品销售、珍稀钱币收藏、文化教育、会务接待、商务办公等多种功能的综合馆。书院分上下两层，藏品丰富，种类多样，主要类别为：根雕、玉石、瓷器、精品国画、名人书画、历代经典字画。院内设有一大一小两间会议厅，一楼会议厅可容纳五六十人开展活动。二楼会议厅具有南湖红船文化特色，比照南湖红船内景布置，从窗外眺望出去便可欣赏南湖美景，与烟雨楼近在咫尺。馆内巧妙融合“国宝”、“国学”、“国乐”、“国画”、“国术”元素，一区多用：将《芥子园画谱》生动地再现在游客面前，将历代文物精品的生动展示出来，成为现代文化消费用途的国宝高仿品的销售平台、中国古典文学艺术诗词楹联及文房四宝的展示交流交易与市场化营运、江南丝竹民乐的集成化展示交流培训演出、中国画与书法艺术的交流平台展示中心，并搭建其市场化运行的平台、文武兼备将武术的“动”与丹青的“静”有机融合，室内文化精品成列交流洽谈与室外开阔的武术戏曲等现场秀进行巧妙组合，形成文化格局上的枢密相间动静相宜之态。 馆内有嘉兴市高层次联谊会、浙江勺园拍卖有限公司、吴牧野工作室、彧卿文化传播有限公司、嘉兴菱文化工作室等。